Pochi cantieri pittorici hanno prodotto due versioni autonome dello stesso soggetto, separate da venticinque anni e da una contesa giudiziaria con la committenza. La Vergine delle Rocce è uno dei rari casi in cui la storia conservativa è insieme storia teologica: la versione più antica è eterodossa e splendida; la seconda normalizza l'iconografia ed è in parte di bottega. Le differenze fra le due — il gesto dell'angelo, le aureole, la temperatura cromatica — non sono dettagli, sono dichiarazioni di posizione.